本學系為本校馬祖校區三系之一，學生獎助學金補助說明如下：

• 連江縣政府提供：馬祖校區就學期間每人每年一萬五千元就學津貼。
• 本校提供：馬祖校區就學期間每人每學期一萬五千元獎學金。
• 優秀新生入學獎學金：每名約3萬元(由連江縣政府及海洋大學共同提供)，獎勵資格如下：
  • 大學指考錄取成績為各系之前三名，且以第一志願錄取者，每系各以1名為原則。
  • 學測總級分為各系之前三名，且以第一志願錄取者，每系各以1名為原則。
  • 同分者依該學年度簡章之同分參酌順序決定之。
• 國立台灣海洋大學進方水科技獎學金：三系各6名以及特殊貢獻獎學金共2名獎學金名額。
• 國立臺灣海洋大學李全伶學長及夫人李欒復青女士獎助學金：三系各1名，1名4萬元獎學金。
• 陸生學位生進入本校就讀學士學位、碩士學位及博士學位者，每位學生每學期分別可獲得本校提供之新台幣2萬元、2.5萬元及3萬元獎勵學金。
• 本校其他獎助學金請參照本校獎助學金網頁（請點選）。